1911年10月，马汉在海军学院1887至1911年讲授海军战略理论的讲稿整理为《海军战略》一书出版。这是自《海权对历史的影响》之后，马汉又一部更为成熟和系统地阐述海权思想的著作。他在菱中提出海权学说和制海学说。他认为：谁控制住海洋，谁就统治了世界。控制海洋，特别是在与国家利益和贸易有关的主要交通线控制海洋，是国家强盛和繁荣的纯物质性因素中的首要因素。这是马汉“海权论”的基本思想。马汉还以“海权论”为中心，分析了历史上有关海上战争及战例，总结概括了海军战略的基本理论。他认为，海军战略的目的是保证国家获得平时和战时的制海权。为了牢牢掌握制海权，必须建立一支强大的海军，特别是建设一支具有进攻能力的强大海军。

《海军战略》出版后，受到各国的重视。德皇威廉曾说：“这是一流的著作，所有的观点都是经典性的。我们所有的舰船上都要有这本书，我们的舰长们和军官们要经常引用它。”第一次世界大战时担任英国海军大臣的丘吉尔，曾感慨地说：“英国对海军理论尚无重要之贡献，世界上最标准的海军理论，创始于美国的马汉少将。”

马汉在战略理论上的建树，使马汉在美国海军界倍受重视。马汉两度出任美国海军学院院长，还曾担任美国驻欧洲舰队旗舰舰长。退休后，1898年美西战争爆发后，马汉又被聘请出山，担任海军战略委员会成员。1906年被晋升为海军少将（非现役）。1908年任美国海军事务委员会主席。1914年12月1日，马汉在华盛顿海军医院病故，终年75岁。