纽约州立宾汉姆顿大学设立于1946年，建校时为三城学院（Triple Cities College)。三城学院起初是雪城大学的分校，直到1950年并入纽约州立大学系统, 并更名为哈勃学院（Harpur College）。到1953年时，哈勃学院就已经发展成学科健全的综合性大学，吸引了相当多当地优秀的学生前来就读。50年代后期，哈勃学院的学生申请人数与学术声誉如日中天，并且被纽约州政府任命为纽约州立大学具有授予博士文凭资格的大学中心之一，当时纽约州仅有4所州立大学具有博士学位授予权。

宾汉姆顿大学是纽约州四个旗舰大学中心中第一个并入纽约州立大学体系的，并于1965年更名为纽约州立大学宾汉姆顿分校（State University of New York at Binghamton，简称 SUNY-Binghamton）。1992年为了更好地和SUNY系统其他学校区分，该校将日常使用的非正式校名确定为宾汉姆顿大学—纽约州立大学（Binghamton University, State University of New York），但是学校的官方正式名称依旧是纽约州立大学宾汉姆顿分校（State University of New York at Binghamton）。

值得一提的是，国际商业机器公司的创办人托马斯·J·沃森先生在当初建校的过程中贡献良多。早在1940年代，有鉴于宾汉姆顿地区及IBM未来的发展需要地方上有高等教育资源相配合, 沃森先生捐出部分土地作为建校所需。这块位于恩迪克特（Endicott）的校址，也被视为宾汉姆顿大学的发源地。虽然恩迪克特校址只使用了三年，学校就搬迁至目前在维斯塔尔镇（Vestal）的现址，为了感念沃森先生对该校的贡献，目前工程与应用科学学院（Thomas J. Watson School of Engineering and Applied Science）以托马斯·J·沃森为名。