石溪大学位于纽约市以东60英里，长岛北岸，临近大西洋和长岛海峡，气候四季分明。这里三面环海，岛上布满森林，雨量充沛，气候湿润。由于长岛属于海洋性气候，夏季并不炎热，每年夏天吸引数百万游客来此观光。长岛被认为是世界上最适于人类居住的地区之一，同时这里也是富人聚集的地区。距纽约市中心曼哈顿约105公里，乘车一个半小时内即可到达纽约市。石溪大学校园内绿树环绕，环境幽雅。毗邻世界生命科学的圣地冷泉港实验室，并有长期合作。附近有肯尼迪国际机场和拉瓜迪亚机场。学校旁有Stony Brook 火车站，可乘车至纽约市唐人街，法拉盛等地。方便学生充分利用曼哈顿所提供的地理优势，为学生就业和生活提供了良好的生活环境。学校附近设施齐全，生活便利，有多家中餐馆，大型购物中心，沃尔玛、Target、Whole Food等生活购物中心。校区内有10分钟一趟的校内巴士和共享单车，方便学生到达学校的任何区域。住在校外的学生可乘坐汽车，火车和渡轮抵达学校。