福特汉姆大学的医学院于1919年关闭，药学院于1972年关闭后，学校内便不再提供与医学直接相关的课程。但福特汉姆大学仍与叶史瓦大学的阿尔伯特·爱因斯坦医学院（Albert Einstein College of Medicine）保持合作关系。该项目允许福特汉姆大学本科生及选修理科的研究生参加医学课程、参与自行研究及爱因斯坦医学院的研究项目。除此之外，该项目还包含一个物理学家导师项目，允许学生选择一个爱因斯坦医学院的蒙蒂菲奥里医疗中心（ Montefiore Medical Center）的物理学家参加研究。

2009年，福特汉姆大学开始与纽约医学院（New York Medical College）就两校合并的事宜进行谈判，最终合并没有成功，但两校间建立了紧密的学术关系，其中包括签署合作课程项目的条约。