皇仁书院中一至中六每年级仅开设四班，除了中国语文、中国历史及普通话科外，学校各科皆以英语授课为主，为了重点培养学生的中英文双语能力，学校的早会皆以英语进行，并设早会分享环节，由学生以英语或普通话分享时事及作专题演讲。
学生在中一至中三必须修读基础课程包括：英语语言、中国语文、普通话、数学、科学类、计算机知识等；而学校为中四至中六的学生提供香港中学文凭DES课程，学生必须修读4门核心课程，还有11门选修课可自行选择。中一至中五学生一学年内参加两次内部考试，中六学生必须参加内部模拟及香港中学文聘考试。
