本科课程

香港珠海学院开办10项受香港政府承认的学位课程，课程包括：中国文学（荣誉）文学士、新闻及传播（荣誉）文学士、会计及银行（荣誉）商学士、工商管理学（荣誉）学士、财务金融学（荣誉）工商管理（荣誉）学士、商业资讯（荣誉）工商管理学士、土木工程（荣誉）工学士、建筑学（荣誉）理学士、资讯科学（荣誉）理学士及建筑（荣誉）学士。

另外，香港珠海学院亦开办2项副学位课程，课程包括：资讯科学副理学士课程及通识副学士课程。文凭课程：1年制电脑专业文凭课程及2年制电脑专业文凭课程。

硕士及博士研究生课程

硕士研究生课程共开设有12个专业方向，分别是华南历史与文化、应用佛学、国学、应用金融学、土木工程、建筑学、工商管理（创业管理）、一带一路国家国际关系、一带一路国家国际工商管理、环球传播、艺创科技及数码传播、创意产业应用科技。

由各研究所按台湾教育部门要求提供课程，博士研究生课程已于2020年暂停招生。