麦吉尔大学两个校区分别是背靠皇家山的downtown校区（常被称为“主校”），以及市区以西约36公里的Macdonald校区（常被称为“分校”），两个校区间有校车往来，约半个多小时的车程。
加拿大有不少大学都拥有两个或两个以上的校区，比如多伦多大学，UBC大学，滑铁卢大学等，但麦吉尔大学的这两个校区与其他大学有所不同，其分校建立的目的是利用天时地利创建加拿大首屈一指的农业与环境科学学院以及饮食与人类营养学院。也就是说，麦大的这两个校区的专业是不重叠的。换句话说，两个校区的录取要求是依据专业区分，并非挑选成绩高低。
