本科基本教学语言为丹麦语，在研究生阶段也提供相当数量的英语授课及研究课程。
【专业排名根据： U.S.News 2016； URAP 2014-2015 (University Ranking by Academic Performance)；NTU Ranking 2014 (Performance Ranking of Scientific Papers for World Universities )】
数学 (Master of Science in Mathematics)、物理学及天文学[Master of Science in Physics (Astrophysics, Geophysics, Biophysics and Quantum Physics)]、化学 (Master of Science in Chemistry)：学校的传统强系；而哥本哈根大学与隆德大学联合主持的同步辐射装置MAX IV，以及欧洲散裂中子源项目 (European Spallation Source)，势必促进多种学科的强势增长；
经济学 (Master of Science in Economics)、数理经济学 (Master of Science in Mathematics-Economics)：其计量经济学举世瞩目，与数学系组成强大的数理经济学金融计量基地。同时，哥本哈根大学拥有一个不完善知识经济学研究中心，隶属于索罗斯创建的Institute for New Economic Thinking (INET)。在2014年国际计量经济学博弈赛 (World Championship of Econometrics) 中，哥本哈根大学的团队击败来自哈佛大学、剑桥大学、牛津大学、奥胡斯大学和国立统计与经济管理学校等高校的对手，获得冠军 ；
农学 (Master of Science in Agriculture)、食品科学 (Master of Science in Food Science and Technology)：农学专业与荷兰瓦格宁根大学 （荷兰瓦赫宁根大学）同为世界顶尖，Plant & Animal Science、Agricultural Sciences 分列全球第7位、第9位 (NTU Ranking)；Agricultural and Veterinary Sciences、Environmental Sciences 分列全球第7位、第10位 (URAP)；Plant and Animal Science、Agricultural Sciences 分列全球第12位、第14位 (U.S.News)；食品专业亦获得了Arla和嘉士伯等国际巨头的支持；
生物信息 (Master of Science in Bioinformatics)：依托强大的BRIC (Biotech Research and Innovation
Centre)和生物信息研究中心 (Bioinformatics Centre) ，其Biological Sciences 全球第12位 (URAP)；Biology and Biochemistry、Molecular Biology and Genetics 分列全球第22位、第32位 (U.S.News)；
药学 (MSc in Pharmaceutical Sciences)、国际健康 (Master of Science in Global Health)：其医药健康类与 Karolinska Institutet (卡罗林斯卡学院) 同属国际一流，其中Pharmacology and Toxicology 全球第7位 (U.S.News)；Pharmacology & Toxicology 全球第11位 (NTU Ranking)；Medical and Health Sciences 全球第20位 (URAP)；学校的地理位置、资源和人脉在欧洲三大最佳生物科技创新基地之一的医谷 (Medicon Valley)更有着得天独厚的优势；哥本哈根同时也是世界卫生组织的欧洲总部所在地。哥本哈根大学与世界卫生组织 (WHO)、世界医学教育联合会 (WFME)、国际医学教育与研究促进基金会 (FAIMER) 拥有合作关系，负责掌管和维护由国际医学教育名录 (IMED) 和阿维森纳名录 (Avicenna Directory) 合并而成的世界医学院校名录 (World Directory of Medical Schools)；
地质和地球科学 (Master of Science in Geology-Geoscience)：隶属于实力雄厚的IGN ，如 Hans Thybo 教授为欧洲地球科学联盟 (European Geosciences Union) 主席；其所在的 Geocenter Denmark 是欧洲最重要的地学研究与教学中心之一，同时亦为 GEUS（Geological Survey of Denmark and Greenland，丹麦-格陵兰地质调查局）所在地。自然历史博物馆的地球遗传学中心 (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark)也与之有着紧密联系——这是一个跨学科中心，主要由遗传学家和地质学家组成，研究内容丰富：从研究欧洲冰河世纪猛犸象的迁移，到追踪最早的人类在澳大利亚的足迹；从分析格陵兰岛重达20吨的陨石，到理解早前的气候变化并预测其对未来的影响；从检测各类疾病的遗传背景，到探索一雌多雄对绿海龟生存情况的影响；
气候变化 [Climate Change, Impacts, Mitigation and Adaptation (CCIMA)]：跨院系授课，兼顾自然科学（如Geophysics是Niels Bohr Institute的重要研究领域之一）和社会科学（如Political Science是全国入学要求最高的专业之一）；各授课地点距离北校区 骑车不超过10分钟；跨学科研究 (Transdisciplinary research)：哥本哈根大学的特长领域，Multidisciplinary 全球第28位 (URAP)；如 Niels Bohr Institute 的Biophysics是跨越物理学和生命科学的综合性领域；合成生物学 (Synthetic Biology) 是化学、纳米科学、生物物理学等的交叉学科；Dynamical Systems Interdisciplinary Network则通过多学科紧密合作， 借助数学及计算机建模和统计学、生理和神经科学、心理学、计量经济学、生物信息学、生物统计学等，合力攻克复杂系统问题。
